Grl § 3, 3. pkt., fastslår, at "den dømmende magt er hos domstolene", for at sikre, at opgaverne varetages af uafhængige organer, da dette er en garanti mod magtmisbrug fra den udøvende magt, jf. Montesquieus magtadskillelsesteori.
Man skelner typisk mellem tre forskellige aspekter af domstolenes uafhængighed; den organisatoriske, den funktionelle og den personelle uafhængighed.
Den organisatoriske uafhængighed
Domstolenes organisatoriske uafhængighed følger af Grl § 61, hvor det hedder "Den dømmende magts udøvelse kan kun ordnes ved lov. Særdomstole med dømmende myndighed kan ikke nedsættes."
Denne uafhængighed er todelt.
I henhold til Grl § 61, 1. pkt., skal alle regler om domstolenes organisation fastsættes direkte i loven, hvilket betyder, at regeringen ikke har beføjelse til administrativt at regulere domstolenes organisation og virksomhed. Formålet med dette er at værne om domstolenes uafhængighed af regeringen.
Efter Grl § 61, 2. pkt., indebærer, at der ikke kan nedsættes særdomstole med dømmende myndighed, dvs. nedsættelse af domstole til pådømmelse af en allerede foreliggende sag. Begrundelsen for, hvorfor det ikke er hensigtsmæssigt at oprette særdomstole med dømmende myndighed er, at udvælgelsen af dommere kan ske på baggrund af deres holdning til den eller de sager, som skal afgøres. Hvis regeringen for eksempel havde mulighed for at udpege dommere med henblik på at sikre, at afgørelserne er i overensstemmelse med regeringens ønsker, ville dette være problematisk. Grl § 61, 2. pkt., er dog ikke til hinder for, at der kan oprettes særdomstole med undersøgende myndighed, også kaldet undersøgelseskommissioner.
Den funktionelle uafhængighed
Dommernes funktionelle uafhængighed følger af Grl § 64, 1. pkt., hvor det fremgår, at "Dommerne har i deres kald alene at rette sig efter loven". Denne bestemmelse medfører, at dommerne ikke skal lytte til politikere eller andre om, hvordan sager skal afgøres, men kun skal rette sig efter loven. Ordet "loven" omfatter ikke kun formel lov, men også andre almindeligt anerkendte retskilder. Det sker dog også til tider, at domstolene påtager sig en retsskabende rolle ved at fortolke eksisterende regler i lyset af teknologisk og samfundsmæssig udvikling eller i forhold til nye problemer.
Den personelle uafhængighed
Dommernes personelle uafhængighed vedrører reglerne om udnævnelse af dommerne samt dommernes beskyttelse mod afskedigelse og forflyttelse, og har til formål at understøtte dommernes funktionelle uafhængighed, da denne uafhængighed forhindrer, at man kan påvirke en dommer ved trussel om afskedigelse eller forflyttelse.
Reglerne om udnævnelse af dommere findes ikke i grundloven, men domstolene blev sikret afgørende indflydelse på dommerudnævnelserne ved lov nr. 402 af 26. juni 1998, hvorefter der blev oprettet et dommerudnævnelsesråd, der afgiver indstilling til justitsministeren om besættelse af dommerstillinger, jf. Rpl § 43 a. Desuden udpeges Højesterets præsident også af Højesterets dommere selv. Således har domstolene størst indflydelse på dommerudnævnelsen.
Beskyttelsen mod afsættelse og forflyttelse fremgår af Grl § 64, 2. og 3. pkt., hvorefter en dommer kun kan afskediges eller forflyttes ved dom, når dommeren først er udnævnt. En undtagelse til dette er, at de kan afskediges fra de fylder 65, men i så fald skal de stadig have løn i perioden indtil de alligevel ville blive afskediget på grund af opnåelse af den pligtige pensionsalder for dommere (70 år). Endvidere kan de som udgangspunkt afskediges eller forflyttes, såfremt der er tale om en større omorganisering af domstolene.